Lilja ist derzeit Leiter einer der Aufsichtsabteilungen bei der Inspektionen för vård och omsorg (schwedische Aufsichtsbehörde für Gesundheits- und Sozialwesen). Zuvor hatte er leitende Positionen in der Region Jönköping (Südschweden) inne, unter anderem als Betriebsleiter des Rettungsdienstes sowie als Abteilungs- und Bereitschaftsleiter.
Die FIHM (Försvarsinspektören för hälsa och miljö – Verteidigungsinspektorat für Gesundheit und Umwelt) ist eine unabhängige Aufsichtsfunktion innerhalb der Schwedischen Streitkräfte und ist für die Kontrolle in Bereichen wie Umwelt- und Gesundheitsschutz, Infektionsschutz, Lebensmittelsicherheit, Tierschutz sowie Gesundheits- und Krankenpflege zuständig. Die Aufsichtsverantwortung umfasst auch bestimmte Tätigkeiten der Fortifikationsverket (schwedische Festungsbaubehörde), der Försvarets materielverk (schwedische Beschaffungsbehörde für Verteidigungsmaterial, FMV) sowie der Försvarets radioanstalt (schwedische Behörde für Funknachrichtenwesen, FRA).