Lilja er i dag sjef for en av tilsynsavdelingene ved Inspeksjonen for helse og omsorg. Han har tidligere hatt ledende stillinger innen Region Jönköping (Sverige), blant annet som virksomhetsleder for ambulansetjenesten og som seksjons- og beredskapssjef.
FIHM er en uavhengig tilsynsfunksjon innen Forsvaret og har ansvar for kontroll innen områder som miljø- og helsesikkerhet, smittevern, matsikkerhet, dyrevern samt helse- og sykepleie. Tilsynsansvaret omfatter også viss virksomhet hos Fortifikasjonsverket, Försvarets materielverk (FMV) og Försvarets radioanstalt.