Lilja es actualmente jefe de uno de los departamentos de supervisión de la Inspección de Atención Sanitaria y Social de Suecia. Anteriormente ha ocupado cargos directivos en la Región de Jönköping (sur de Suecia), entre ellos el de director operativo del servicio de ambulancias y jefe de sección y de preparación.
La Inspección de Defensa para Salud y Medio Ambiente (FIHM, por sus siglas en sueco) es una función de supervisión independiente dentro de las Fuerzas Armadas Suecas y es responsable del control en áreas como la protección medioambiental y sanitaria, la prevención de enfermedades infecciosas, la seguridad alimentaria, el bienestar animal y la atención sanitaria. La responsabilidad de supervisión abarca también determinadas actividades de la Administración de Fortificaciones de Suecia (Fortifikationsverket), la Administración de Material de Defensa sueca (FMV) y el Establecimiento de Radio de la Defensa sueca (Försvarets radioanstalt).