Lilja er i dag chef for en af tilsynsafdelingerne hos Inspektionen for pleje og omsorg (Inspektionen för vård och omsorg). Han har tidligere haft ledende stillinger i Region Jönköping (sydlige Sverige), herunder som driftschef for ambulancetjenesten samt som sektions- og beredskabschef.
FIHM er en uafhængig tilsynsfunktion inden for de svenske væbnede styrker og er ansvarlig for kontrol på områder som miljø- og sundhedsbeskyttelse, smitsomme sygdomme, fødevaresikkerhed, dyrevelfærd samt sundheds- og sygehusvæsen. Tilsynsansvaret omfatter også visse aktiviteter hos Fortifikationsverket (den svenske forsvarsbygningsstyrelse), den svenske forsvarsmaterielstyrelse (Försvarets materielverk, FMV) og den svenske forsvarsradioanstalts (Försvarets radioanstalt, FRA).